Viêm phổi ở người bị tổn thương miễn dịch có thể gây ra bởi vi khuẩn, mycobacteria, nấm, động vật đơn bào, giun, virus nhưng không phải tất cả các thâm nhiễm phổi ở người bị bệnh là do nhiễm khuẩn. Các qúa trình không do nhiễm khuẩn như phù phổi, phản ứng thuốc, nhồi máu phổi, tiềm ẩn bệnh ác tính, viêm phổi do tia xạ có thể giống hệt như nhiễm khuẩn. Mặc dù bất kỳ yếu tố gây bệnh nào cũng có thể gây viêm phổi ở người bị bệnh, song có hai công cụ lâm sàng giúp người thầy thuốc thu hẹp chẩn đoán phân biệt. Thứ nhất là kiến thức về sự khiếm khuyết miễn dịch tồn tại ở bên dưới: các typ đặc hiệu của khiếm khuyết về nhiễm dịch dễ gây các nhiễm khuẩn riêng biệt ví dụ các khiếm khuyết về miễn dịch dịch thể chủ yếu dễ gây các nhiễm khuẩn vi khuẩn trong đó kháng thể đóng vai trò quan trọng trong khi các khiếm khuyết trong miễn dịch tế bào dễ gây nhiễm virus, nấm, mycobacteria và động vật đơn bào. Giảm bạch cầu trung tính và chức năng bạch cầu hạt không hoàn hảo trong các bệnh như ung thư bạch cầu cấp, dùng thuốc điều trị hóa chất và dị sản tủy xương dễ gây nhiễm tụ cầu vàng, nấm aspergillus, trực khuẩn gram âm và nấm candida. Chụp X quang phổi cũng giúp chẩn đoán phân biệt được sáng tỏ. Các thâm nhiễm lan tỏa thường thấy trong viêm phổi do P. Carinii hay do virus, các nhiễm khuẩn và nhiễm nấm kết hợp một cách đặc hiệu với các thâm nhiễm khu trú thời gian của qúa trình nhiễm khuẩn cũng giúp cho tìm ra nguyên nhân viêm phổi ở người tổn thương miễn dịch. Một viêm phổi xảy ra rất nhanh là có thể do nhiễm khuẩn trong khi đó một viêm phổi âm ỉ có lẽ thích hợp hơn là nghĩ đến do virus, nấm, động vật đơn bào, nhiễm lao. Viêm phổi xảy ra trong vòng 2 – 4 tuần sau ghép nghĩ tới do vi khuẩn là hợp lý nhất trong khi nếu xảy ra nhiều tháng hoặc ngay hôm sau khi ghép thường là do nhiễm P. carinii, virus (CMV hay các loại khác), nấm (aspergillds và các loại khác).
Để chẩn đoán, nên cấy máu, xét nghiệm và cấy đờm, dịch màng phổi nếu có, xét nghiệm đờm khạc ra tìm vi khuẩn, nấm, trực khuẩn lao, Legionella và P. carinii lá quan trọng và để có thể khỏi phải làm các phương phảp chẩn đoán tốn tiền và gây tổn thương. Một mẫu đờm đầy đủ thường khó có, khi đó qui nạp đờm trở nên cần thiết. Cần cố lấy đờm.
Hay gặp trường hợp là đánh giá thông thường không nhận biết được nguyên nhân gây bệnh. Khi đó nhà lâm sàng buộc phải vừa bắt đầu điều trị thuốc kháng khuẩn đồng thời tiến hành các thủ thuật gây chảy máu như soi phế quản, chọc hút lồng ngực hoặc sinh thiết phổi mở. Rửa phế nang – phế quản phổi bằng soi phế quản sợi quang mềm là một phương pháp an toàn và hiệu quả để lấy chất xuất tiết ở phổi cho xét nghiệm vi sinh học. Nó có ít nguy cơ gây chảy máu hơn chải tế bào và sinh thiết qua phế quần. Rửa phế nang – phế quản đặc biệt phù hợp cho chẩn đoán viêm phổi do P. carinii ở bệnh nhân AIDS và thực tế đạt tới 90 – 97%.
Xét nghiệm đờm khạc tìm P. carinii là cách thay thế rửa phế nang – phế quản vì rẻ hơn và không phải xâm nhập vào cơ thể. Độ nhạy của xét nghiệm tìm P. carinii trong đờm thay đổi từ 28% đến 92% và tùy thuộc kinh nghiệm, số mẫu bệnh phẩm được xét nghiệm và phương pháp thực hiện. Sự lựa chọn cách tiến hành xử lý phải dựa vào mức độ nặng của nhiễm khuẩn ở phổi, bệnh cơ bản, các nguy cơ điều trị kinh nghiệm, có chuyên gia tại chỗ và kinh nghiệm làm thủ thuật. Sinh thiết phổi mở được coi là một thủ thuật chuẩn để chẩn đoán thâm nhiễm phổi ở người suy giảm miễn dịch nhưng lựa chọn phải có so sánh cân nhắc tới một thực tế là thông tin thu được hiếm khi có tác động lên kết quả cuối cùng. Hơn nữa, chỉ có được chẩn đoán đặc hiệu ở khoảng hai phần ba số trường hợp đã được sinh thiết, vì thế thường hay được điều trị theo kinh nghiệm đặc biệt khi tỷ lệ “nguy cơ / có lợi” của phương pháp sinh thiết phổi là cao.
